Beskid Makowski zbudowany jest z  fliszu karpackiego, czyli kompleksu skał składających się z  piaskowców magurskich, łupków, zlepieńców, iłów i  margli, wytworzonych w  morzu, jakie pokrywało w  jurze teren  dzisiejszych Karpat.

Osady dna morskiego uległy wypiętrzeniu, tworząc liczne pasma górskie. Podobną budowę posiada również  Beskid Wyspowy , którego charakterystyczną cechą są wyspowo wznoszące się szczyty  ze sfalowanego łagodnymi wzniesieniami krajobrazu.  Mają one strome i  spadziste stoki, lecz wierzchowina  z reguły jest płaska i wylesiona. Góry te przeważnie nie  łączą się tu w  długie pasma, lecz tworzą jakby szereg  wysp otoczonych głębokimi i  szerokimi dolinami. Doliny rzeczne, które oddzielają poszczególne szczyty  górskie, od dawnych czasów wykorzystywane były jako  trakty komunikacyjne, a  dziś biegną nimi drogi, łączące  poszczególne miejscowości tego regionu. 

Ciekawą cechą Beskidu Wyspowego jest występowanie tzw. „morza mgieł”, czyli zjawiska powstającego  na skutek inwersji temperatury. Zjawisko to występuje  również w  Beskidzie Makowskim, np. w  okolicach Bogdanówki i  Zawadki. Polega ono na odwróceniu warunków termicznych – zamiast spadku temperatury wraz  ze wzrostem wysokości n.p.m., co jest cechą charakterystyczną klimatu górskiego, następuje jego wzrost nawet do kilkunastu stopni. Temperatura w  szerokich dolinach i  głębokich kotlinach jest niższa niż na szczytach  gór i właśnie wtedy można obserwować „morze mgieł”,  gdyż odosobnione wyspowe szczyty wyrastają z  mgły  jak wyspy na morzu. 

Gleby w  krainie Kliszczaków to głównie gleby brunatne kwaśne i  wyługowane z  niewielką domieszką gleb  torfowych oraz mady w  dolinach rzecznych. Jednak pod  względem przydatności do rolnictwa są to gleby średniej jakości, a  w częściach górskich słabe lub wręcz nieprzydatne do uprawy. Ze względu na spore nachylenie  zboczy, gleby są narażone na erozję, dlatego na zboczach tworzy się tarasy, orząc ziemię wzdłuż poziomic. 

Na omawianym terenie można wyodrębnić dwa  piętra klimatyczne. Pierwsze, sięgające do wysokości  680 m n.p.m. – to strefa umiarkowana i  ciepła, a  drugie sięgające powyżej – to piętro umiarkowane chłodne.  Wysokość terenu w  gminie Tokarnia waha się od około  360 m n.p.m. (dolina Krzczonówki) do 866 m n.p.m. (Ko- skowa Góra).

Zróżnicowana rzeźba terenu wpływa na  klimat w  Beskidzie Makowskim i  Beskidzie Wyspowym.  Średnia temperatura wynosi od 5 do 8 °C. Wiosna trwa  długo, jest chłodna i  deszczowa, a  niskie temperatury  występują aż do początków maja. Lato w  Beskidzie Makowskim bywa trochę cieplejsze niż w  Beskidzie Wyspowym, lecz trwa tyle samo. Jesień jest długa i  przeważ- nie sucha. Notowane są częste wahania temperatury.  Zima utrzymuje się zazwyczaj od końca listopada do  marca. Przeciętnie najwięcej opadów zaobserwowano w czerwcu i  w sierpniu, a  najmniej w  październiku, średnia roczna wynosi 800 mm. Długość okresu wegetacyjnego wynosi od około 180 dni w  szczytowych partiach gór do 210 dni w  dolinach. Często z  wysokich partii Tatr dociera tutaj porywisty halny wiatr, powodując  duże szkody w lasach.