Krzczonów jest najstarszą wsią w Gminie Tokarnia, o której pierwsza wzmianka pochodzi z 1414 r. Nazwa wsi pochodzi od imienia Krzczon, będącego staropolską formą imienia Krystian. Na początku swego istnienia wieś stanowiła część dóbr myślenickich kasztelanii krakowskiej i należała do parafii w Pcimiu, a następnie w Lubniu.
Po likwidacji klucza myślenickiego w 1777 r. Krzczonów zakupiła księżna Franciszka z Karasińskich (żona syna króla Augusta III Sasa), w 1868 r. w spadku wieś otrzymała Augusta de Montleart, a w 1874 r. nabyła ją księżna Cecylia Lubomirska.
Do najwybitniejszych postaci okresu międzywojennego w Krzczonowie można zaliczyć Księdza Prałata Szymona Hanuszka, który do 1939 r. pełnił funkcję rektora w Krakowskim Seminarium Duchownym. Z jego inicjatywy w 1930 r. na miejscu kapliczki , którą w 1886 r. wybudował kowal - Kacper Hanuszek, wybudowano w Krzczonowie kościół i utworzono pierwszą parafię na terenie Gminy w 1936 r. której proboszczem został ksiądz Piotr Wykusz. Drugą wybitną postacią był jego bratanek, kpt. Błażej Hanuszek (pośmiertnie mianowany na majora w 2007 r.), Absolwent Wydziału Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego z 1922 r. W latach 30. służył m.in. w IV Ekspozyturze II-go oddziału Sztabu Głównego w Katowicach, a następnie w Samodzielnym Referacie Informacyjnego Dowództwa Okręgu Wojskowego w Krakowie. Zmilitaryzowany jako zawodowy oficer na przełomie lipca i sierpnia 1939 r. został następnie ze swoją jednostką wojskową zagarnięty na Podolu przez oddziały radzieckie i osadzony w obozie starobielskim. Od 5 kwietnia do 12 maja 1940 r. jeńcy obozu byli wywożeni na stracenie do siedziby NKWD w Charkowie, dokąd przewożono ich transportem kolejowym i grzebano w IV kwartale strefy parkowo-leśnej pod Charkowem. Tablica upamiętniająca rodzimego bohatera znajduje się przed szkołą w Krzczonowie, gdzie posadzono również symboliczny DĄB PAMIĘCI w 2009 r.
W czasie II wojny światowej Krzczonów stał się ośrodkiem konspiracji. Istniała tutaj drużyna dywersyjna AK, na której czele stał kpr. Franciszek Pytlik „Gołąb”. Do spektakularnych działań partyzanckich na naszym terenie można zaliczyć akcję z 23 września 1944 r. kiedy to oddział Armii Krajowej „Odwet” dowodzony przez por. Gawrę (Stanisława Molko) napadł na konwój żołnierzy niemieckich na granicy Krzczonowa i Tokarni. W akcji zginął pułkownik Wermachtu. Była to bezpośrednia przyczyna wielkiej akcji i bitwy partyzanckiej na Zawadce. W obozach koncentracyjnych w Dachau i Oświęcimiu zginęli ks. Andrzej Leśniak i ks. diakon Jan Filipek z Krzczonowa.
W 1976 r. parafię wizytował kardynał Karol Wojtyła, dziś święty Jan Paweł II.
