Beskid Makowski zbudowany jest z fliszu karpackiego, czyli kompleksu skał składających się z piaskowców magurskich, łupków, zlepieńców, iłów i margli, wytworzonych w morzu, jakie pokrywało w jurze teren dzisiejszych Karpat.
Osady dna morskiego uległy wypiętrzeniu, tworząc liczne pasma górskie. Podobną budowę posiada również Beskid Wyspowy , którego charakterystyczną cechą są wyspowo wznoszące się szczyty ze sfalowanego łagodnymi wzniesieniami krajobrazu. Mają one strome i spadziste stoki, lecz wierzchowina z reguły jest płaska i wylesiona. Góry te przeważnie nie łączą się tu w długie pasma, lecz tworzą jakby szereg wysp otoczonych głębokimi i szerokimi dolinami. Doliny rzeczne, które oddzielają poszczególne szczyty górskie, od dawnych czasów wykorzystywane były jako trakty komunikacyjne, a dziś biegną nimi drogi, łączące poszczególne miejscowości tego regionu.
Ciekawą cechą Beskidu Wyspowego jest występowanie tzw. „morza mgieł”, czyli zjawiska powstającego na skutek inwersji temperatury. Zjawisko to występuje również w Beskidzie Makowskim, np. w okolicach Bogdanówki i Zawadki. Polega ono na odwróceniu warunków termicznych – zamiast spadku temperatury wraz ze wzrostem wysokości n.p.m., co jest cechą charakterystyczną klimatu górskiego, następuje jego wzrost nawet do kilkunastu stopni. Temperatura w szerokich dolinach i głębokich kotlinach jest niższa niż na szczytach gór i właśnie wtedy można obserwować „morze mgieł”, gdyż odosobnione wyspowe szczyty wyrastają z mgły jak wyspy na morzu.
Gleby w krainie Kliszczaków to głównie gleby brunatne kwaśne i wyługowane z niewielką domieszką gleb torfowych oraz mady w dolinach rzecznych. Jednak pod względem przydatności do rolnictwa są to gleby średniej jakości, a w częściach górskich słabe lub wręcz nieprzydatne do uprawy. Ze względu na spore nachylenie zboczy, gleby są narażone na erozję, dlatego na zboczach tworzy się tarasy, orząc ziemię wzdłuż poziomic.
Na omawianym terenie można wyodrębnić dwa piętra klimatyczne. Pierwsze, sięgające do wysokości 680 m n.p.m. – to strefa umiarkowana i ciepła, a drugie sięgające powyżej – to piętro umiarkowane chłodne. Wysokość terenu w gminie Tokarnia waha się od około 360 m n.p.m. (dolina Krzczonówki) do 866 m n.p.m. (Ko- skowa Góra).
Zróżnicowana rzeźba terenu wpływa na klimat w Beskidzie Makowskim i Beskidzie Wyspowym. Średnia temperatura wynosi od 5 do 8 °C. Wiosna trwa długo, jest chłodna i deszczowa, a niskie temperatury występują aż do początków maja. Lato w Beskidzie Makowskim bywa trochę cieplejsze niż w Beskidzie Wyspowym, lecz trwa tyle samo. Jesień jest długa i przeważ- nie sucha. Notowane są częste wahania temperatury. Zima utrzymuje się zazwyczaj od końca listopada do marca. Przeciętnie najwięcej opadów zaobserwowano w czerwcu i w sierpniu, a najmniej w październiku, średnia roczna wynosi 800 mm. Długość okresu wegetacyjnego wynosi od około 180 dni w szczytowych partiach gór do 210 dni w dolinach. Często z wysokich partii Tatr dociera tutaj porywisty halny wiatr, powodując duże szkody w lasach.
